幻想郷中を巻き込んだ騒動がいち段落し、怨霊・瑞霊は博麗神社で管理されることになった。
だが、おとなしくする瑞霊をよそに再び事件は発生。怨霊を巡る思惑が渦を巻き、ふたたび騒動が巻き起こる――。
謎とバトルが交錯する東方Project公式コミックス！